De club ontstond in 1919 na een fusie van drie clubs (FC Dumfries, KOSB FC & Arrol-Johnston). In 1933 speelde de club voor het eerst in de hoogste klasse.
De beste prestatie van de club was een vierde plaats in 1934. In totaal speelde de club twintig seizoenen in de hoogste klasse, in lang vervlogen tijden.
In 2002 werd de club kampioen van de 3de klasse en sindsdien spelen ze in tweede. In 2005 eindigde de club als vierde, het hoogste resultaat sinds de Tweede Wereldoorlog. Na een verloren bekerfinale in 2008 tegen de Glasgow Rangers, die al geplaatst waren voor de Champions League, mocht de club als tweedeklasser aantreden in de UEFA Cup.
In 2012 degradeerde Queen of the South echter weer, om in 2013 terug te keren naar de tweede divisie na het kampioenschap in de Second Division.